1781 m. Sedos dvare buvo pastatyta koplyčia, kuri vos po dviejų metų buvo praplatinta, paaukštinta ir pertvarkyta į bažnyčią. 1886-aisiais sudegė šalia buvęs kunigo namas. Prasidėjus naujam šimtmečiui klebonas S. Paulukevičius savo lėšomis bažnyčią perstatė.
Pasibaigus Antrajam pasauliniam karui pastatas tapo sandėliu, dar vėliau – malūnu. 1988-aisiais čia vėl pradėjo veikti bažnyčia. Ji – stačiakampio plano, vieno bokšto, liaudies architektūros formų.