Trakų miesto cerkvė pastatyta 1863 m., praėjus maždaug dvidešimtmečiui po stačiatikių bendruomenės įsikūrimo Trakuose. Pirmojo pasaulinio karo metu, kai Trakai buvo nuniokoti, pusė pastato buvo sugriauta, o 1938-aisiais pastatas buvo sutvarkytas ir religinės apeigos vėl persikėlė į cerkvę.